En Ben 10: Secret of the Omnitrix (traducido como Ben 10 y el Secreto del Omnitrix) Ben y Gwen descubren la historia del Omnitrix y su misterioso origen. En una versión alterna de la película, estrenada el 1 de septiembre del mismo año, Ben descubre a dos nuevos aliens en el Omnitrix, llamados Muy Grande (Way Big), y Multi Ojos (Eye Guy). Hay tres versiones de esta pelicula donde al principio cuando Ben pelea contra el doctor Animo, el aparece como fuego, en en la segunda como Chico Ojo y en la tercera como XLR8En esta película Ben tiene que encontrar a Azmuth, el creador del Omnitrix, antes de que el Universo sea destruido por culpa del artefacto. Sin embargo, en su camino se encuentra a dos villanos, Vilgax y Sixsix, quienes intentarán quitárselo. Ahora Ben, Gwen y Tetrax deberán encontrar al creador del Omnitrix antes que se acabe el tiempo y el Omnitrix se destruya junto con Ben y el Universo.
